ین مسجد طبق کتیبهٔ سردر آن در سال ۸۴۵ هجری شمسی و در زمان سلطان جهانشاه مقتدرترین حکمران سلسله قراقویونلوو به دستور دختر او صالحه خانم بنا شده‌است. پاسکال کوست در گذشته از این مسجد با نام مسجد سنی و مسجدی که شیعیان تمایلی به استفاده از آن ندارند یاد شده‌بود. کتیبه‌ای کاشی کاری سردر اصلی مسجد کبود به سال ۸۷۰ (قمری) نصب شده‌است.این کتیبه و دیگر کتیبه‌های سردر مسجد به خط نعمت‌الله البواب خوشنویس مشهور سده نهم است و سرکاری و نظارت بر ساخت آن با عزالدین بن ملک قاپوچی بوده‌است.